Isabl’ın hızlı tam genom analizi, kanser tedavisi için başucu kitabını açıyor – Teknolojik Haberler


Her kanser benzersizdir çünkü her insan benzersizdir ve herhangi bir kanser savaşındaki en önemli silahlardan biri bilgidir. isabl kanser hücrelerinin tüm genomlarının hızlı bir şekilde dizilenmesi yoluyla bol miktarda, potansiyel olarak hangi tedavilerin günler içinde etkili olacağını ve olmayacağını gösterir. Şirket, FDA’dan çığır açan bir atama aldı ve yaklaşımını pazara getirmek için 3 milyon dolar topladı.

Son on yıl, dizilemeden analize kadar genomik süreçlerin metalaştırılması nedeniyle çok sayıda tıbbi ilerleme sağlamıştır ve kanser tedavisi de bir istisna değildir. Aslında, kanser (basitleştirme olsa da) kontrolden çıkmış bir genetik mutasyon olduğu için, bu genleri anlamak özellikle umut verici bir araştırma alanıdır.

Panel testleri, prognozu ve klinik stratejiyi etkilediği bilinen birkaç yüz genin seçimindeki mutasyonlar için kanserli hücrelerin DNA’sına bakar. Örneğin, bir kanser, onu radyasyon tedavisine duyarlı hale getiren ancak kemoterapiye dirençli hale getiren belirli mutasyonlara sahip olabilir veya tam tersi – hangisinin olduğunu bilmek inanılmaz derecede yararlıdır.

Isabl’ın kurucu ortağı ve CEO’su Elli Papaemmanuil, panel testlerinin faydalı olmasına rağmen, bunların sadece başlangıç ​​olduğunu açıklıyor.

“Bu testler en yaygın mutasyonları aramak için çok dikkatli bir şekilde tasarlandı ve yaygın kanserleri olan hastalar için kanser teşhisinde devrim yarattı” dedi. “Ancak nadir kanserleri olan hastalar – ve bizim nadir kanser olarak tanımladığımız şey hala hastaların üçte biri – onlardan fayda görmüyor.”

Yaygın kanserleri olan birçok kişi bile, durumlarının bu en tahmin edici genlerin mutasyonlarını içermediğini görebilir. İlgili genler, diğer iki milyar baz çifti arasında bir yerdedir – mevcut testler, genomun yalnızca yüzde 1’ine bakar.

Diğer yüzde 99’a bakmak için teknoloji mevcut olsa da, tarihsel olarak panellere kıyasla pahalı ve yavaştı ve sonuçta ortaya çıkan büyük veri gövdesinin analizi de aynı şekilde zor ve zaman alıcıydı. Ancak Isabl’ın testleri buna kesinlikle değdiğini gösteriyor.

Bir analize giren bilgileri (gruplar, bireyler, hücreler) gösteren diyagram.

Resim Kredisi: isabl

“Görünüşe göre tüm genom dizileme, klinik olarak daha birçok bulguyu saptayabilir – üzerinde hareket edebileceğimiz sonuçlar. bugün. Ve yaptığımız şey, doktorların bir günde okuyup kullanabileceği şekilde özetlememizi sağlayan bir platform geliştirmek” dedi. Buna “klinik olarak uygulanabilir bütün genom ve transkriptom testi” veya cWGTS diyorlar.

Şirket, Papaemmanuil’in New York’ta bir kanser tedavisi ve bilim bağlantısı olan Memorial Sloan Kettering’de yaptığı araştırmalardan kuruldu. “Bütün bu başarıları panel testlerinden görebiliyordunuz, ardından fayda görmeyen tüm bu hastalar. Ama laboratuvarımda teknoloji ve bilgi birikimimiz vardı” diye hatırlıyor. Üç farklı veri kümesi topladılar ve birleştirdiler: germ hattı (yani hastanın) genomları; tümörün genomu ve ayrıca transkriptom, esasen vücudun DNA’yı kopyalayarak ürettiği şeydir.

“Bu, tümörün profilinin gerçekten tam bir resmini veriyor” dedi. “Mutasyonları açıklayan bir sınıflandırıcıya veya modele sahip olmak yerine [i.e. an automated panel test]mutasyonun rolünü ve her bir tümör tipiyle ilişkisini yorumlamak için bu üç katmanı entegre eden analizlerimiz var.”

Örneklemeden rapora kadar tüm sürecin sahibi olmasına rağmen, Isabl’ın önemli ilerlemesi veri tabanlıdır ve bu nedenle “bu çözümü bugün kullanılabilir hale getirmenin önünde teknik bir engel yoktur. Ve bunu geniş ölçekte yapabileceğimizi gösterdik, ”dedi Papaemmanuil. Ancak tıp dünyasında, mümkün olması, izin verildiği anlamına gelmez. FDA, teknolojiye hızlı bir yol olan “atılım” statüsü verdi – ancak federal hükümette hızlı yol bile yavaş.

Tam klinik onay muhtemelen 3-5 yıl sonra olsa da, bu tür bir uygulama için endüstri tarafından tahmin edilen 5-10 yıldan çok daha hızlıdır. Ancak, hem doğrulama hem de diğer amaçlar için araştırmalar devam ediyor, süreci kanıtlayan ana makaleyi yeni yayınladı. Nature Communications’da bugün. (Bu çalışma pediatrik ve genç erişkin kanserlerine odaklansa da, teknik bu demografiyle sınırlı değildir.)

Papaemmanuil, “İlk tur, yol haritasını yapmamıza izin vermek için çok fazla – gerekli kanıtları ve onayları almak için iyi bir başlangıç ​​noktası” dedi. “Çalışmalar yapmak ve en önemlisi onkologlardan neye ihtiyaçları olduğu ve verileri nasıl istedikleri konusunda bilgi almak için kanser merkezleriyle zaten ortaklık yapıyoruz.”

Soldan sağa, Isabl’ın kurucu ortakları Andrew Kung, Elli Papaemmanuil ve Juan Santiago Medina.

3 milyon dolarlık tur, Y Combinator, Box 1 ve diğer firmaların katılımıyla Two Sigma Ventures tarafından yönetildi. Papaemmanuil’in kurucu ortakları CTO Juan Santiago Medina ve Andrew Kung’dur.

Isabl’ın araştırmasının açıkça yürütüleceğini de açıkça belirtti: “Çok güçlü bir bilimsel bilimsel temelimiz var ve çalışmanın yayınlanmasında aktif olacağız. Verilerin hem yayınlanması hem de daha fazla araştırmaya olanak sağlayacak bir biçimde erişilebilir hale getirilmesi gerekiyor” dedi. Tahmine dayalı veri üretme ve tanımlamanın kendi kendini güçlendiren oyunu, birçok disiplinde inanılmaz derecede değerli bir kaynak olduğunu kanıtlayabilir.

Isabl, laboratuvardaki gelişmelerle daha sık ilişkilendirilen bir endüstride az çok saf veri oyununun gücünün bir örneğidir – elbette ilk etapta üretmek için çok fazla laboratuvar çalışması gerektirdi. Ancak önemli süreçlerin otomasyonu, bu durumda DNA transkripsiyonu, veri yakalamada büyük bir artış sağladığında, her zaman bulunacak bir değer vardır. Bu durumda bu değer birçok hayat kurtarabilir.



Kaynak : https://techcrunch.com/2022/05/18/isabls-rapid-whole-genome-analysis-opens-the-playbook-for-cancer-treatment/

Yorum yapın